A Biosev é signatária do Protocolo Agroambiental (Programa Etanol Verde), uma iniciativa do governo paulista destinada a preservar a biodiversidade e a reconhecer as boas práticas ambientais do setor sucroenergético. O protocolo foi criado a partir de um entendimento entre poder público, usinas e fornecedores de cana-de-açúcar para reduzir os impactos da atividade agrícola e industrial no meio ambiente e na sociedade. As unidades Santa Elisa, MB, Continental e Vale do Rosário subscreveram o protocolo em 2007 e a unidade Leme, em 2008.

O programa estabelece prazos para a eliminação da queima da palha da cana-de-açúcar, além de criar mecanismos de proteção de nascentes, gerenciamento de resíduos, redução do consumo de água e controle das emissões atmosféricas, entre outras iniciativas. Consciente da importância do Etanol Verde, a Biosev está se antecipando aos prazos finais previstos na legislação.

Além disso, como produz sua própria energia por meio da queima do bagaço da cana de açúcar, a Biosev reduziu as emissões provenientes do uso de fontes fósseis. Por isso, desde 2001, as usinas da companhia já receberam mais de 400 mil certificados de crédito de carbono, o que corresponde a uma redução acima de 400 mil toneladas de CO2 na atmosfera, reconhecida pela ONU.